El informe de supervisión de SUNEDU determina que la UNJBG ha cumplido con establecer los mecanismos de regulación y funcionamiento de la Defensoría Universitaria en su normativa interna. Asimismo se ha verificado que ha designado un Defensor Universitario e implementado mecanismos de difusión y atención de denuncias para el funcionamiento de la mencionada defensoría.

La Defensoría Universitaria empezó a funcionar desde el mes de mayo del año 2015, en la UNJBG, en el marco de la nueva Ley Universitaria 30220. Es un órgano autónomo, encargado de velar por el respeto de los derechos de todos los miembros de la comunidad universitaria (alumnos, administrativos y docentes) frente a actos u omisiones de las autoridades o funcionarios de la Universidad que los vulneren.

Actualmente el Msc. Jesús Agreda Paredes es quien ejerce el cargo de Defensor Universitario, cuyo despacho recibe las denuncias de los interesados de manera verbal o escrita en el tercer piso de la Escuela Profesional de Ciencias de la Comunicación en el horario de 9:00 a.m. a 1:00 p.m. 

Es importante señalar que los procedimientos de atención de las reclamaciones, quejas o denuncias de los miembros de la comunidad universitaria así como los procedimientos generales de la Defensoría Universitaria se encuentran sustentados en el reglamento de Defensoría Universitaria de la UNJBG aprobado por resolución de Consejo Universitario Nº 13090-2016-UN/JBG.